前作から約２０年後の物語。

私立出雲学園に通う八岐猛（やぎ　たける）は天涯孤独の身ながら、親友であり剣道のライバルでもある大斗剛（やまと　たけし）、そして幼馴染みの白鳥琴乃（しらとり　ことの）、明日香（あすか）の姉妹など多くの人々に囲まれ幸せな日々を送っていた。

ある日、剣道の全国大会への出場者として猛が選ばれる。
実力的にもてっきり剛が選ばれると思っていた猛は、剛に出場権を譲る意志を示すが、それがかえって剛の心を傷つける事となる。

そんな気まずい雰囲気の中、突如として出雲学園を大きな地震が襲い、辺りの様子は一変する。
教師や学生たちは姿を消し、学舎はツタで覆われた廃墟と化し、いたるところを見たことのない怪物が徘徊する。
やっとのことで仲間たちと合流し、琴乃と剛を襲っていた化け物を倒す。
だがその瞬間まばゆい光と共に二人は消えてしまう。

影も形もなくなった麓の街。
そして猛たちの前に現れる古代衣装に身を包んだ人々。
やがて彼らは、２つの世界をめぐる物語の中に巻き込まれてしまったことを知ることになる。

果たして猛たちは元の生活に戻ることが出来るのか。
姿を消してしまった剛と琴乃は一体どこに……